Modulované struktury jsou charakterizovány porušením translační periodicity. Narozdíl od standartních struktur, které jsou vystavěny z indentických základních buněk, dochází u modulovaných struktur při přechodu mezi základními buňkami k mírné změně jednoho nebo více parametrů. Výpočty těchto změn se provádí pomocí speciálních výpočetních postupů založených na zobecnění běžných krystalografických metod. V současné době se prakticky všechny modulované struktury počítají programem Jana2006 vyvíjeným v Oddělení strukturní analýzy. Podrobnosti o tomto programu jsou uvedeny na stránce http://jana.fzu.cz. Jako vstup do programu slouží základní řešení modulované struktury, které se velmi často provádí programem Superflip (http://superflip.fzu.cz), který je rovněž vyvíjen v Oddělení strukturní analýzy. V současné době je připravována nová, modernizovaná, verze programu Jana2006, která ponese název Jana2020.
