Jaromír Hrdý je autorem více než 80 publikací v mezinárodních recenzovaných vědeckých časopisech a také jednoho objevu. Svůj výzkum zaměřený na rentgenovou spektroskopii, rentgenovou difrakci a s tím související rentgenovou krystalovou optiku (zejména pro synchrotronové záření) rozvíjí více než 60 let a dodnes působí v Sekci optiky, kde založil skupinu rentgenové optiky.
Především díky jeho úsilí se podařilo České republice vstoupit do European Synchrotron Radiation Facility (ESRF), největšího evropského zdroje tvrdého rentgenového synchrotronového záření, který je umístěn ve francouzském Grenoblu. Jaromír Hrdý byl řadu let členem, a několik let dokonce předsedou programového panelu ESRF (Program Committee), který vybírá nejlepší projekty, jež se na zařízení mohou uskutečnit. Kvalitu předkládaných českých projektů dokládá počet přidělených směn na schválené experimenty, který dlouhodobě převyšuje hodnoty odpovídající procentuálnímu příspěvku. Česká republika je od roku 2008 spolu se Slovenskem a Maďarskem řádným členem v rámci konsorcia Centralsync.
Jaromír Hrdý se celou svou kariéru věnoval metodice měření pomocí dokonalých krystalů. Již na počátku kariéry navrhl metodu vertikální disperze pro rentgenový dvoukrystalový spektrometr. Během svého pobytu na Johns Hopkins University v USA v roce 1970 poprvé experimentálně prokázal existenci nenulové polarizace charakteristického rentgenového záření. Pro synchrotronové záření navrhl a na synchrotronech v USA (BNL a Argonne National Laboratory) a v ESFR úspěšně vyzkoušel tzv. difrakčně-refrakční optiku, které se věnoval v řadě svých prací.